Obsah aplikace "Portál finanční správy" lze rozdělit na 2 části: veřejnou a neveřejnou (autentizovanou). Přístup do veřejné části není nijak omezen a jsou v ní umístěny například aplikace "Elektronická podání finanční správě" nebo "Stav zpracování elektronických podání". Přístup do neveřejné části vyžaduje autentizaci, tzn. přihlášení uživatele. Pokud není uživatel přihlášen, dojde automaticky k přesměrování na přihlašovací stránku. Před autentizací dojde také k přepnutí na zabezpečený protokol HTTPS, který je používán až do odhlášení. Platnost přihlášení je po 30 minutách nečinnosti zrušena a uživatel se musí přihlásit znovu.
Přihlášení uživatele je zpravidla umožněno dvěma způsoby:
Ve druhém případě je vyžadováno ověření identity podatele způsobem, kterým se lze přihlásit do jeho datové schránky. Přístup je umožněn pouze oprávněné osobě datové schránky.
Přihlašovací stránka obsahuje dvě záložky pro možnost výběru, jakým způsobem se bude uživatel k aplikaci autentizovat.
V případě volby „Datovou schránkou“ obsahuje stránka serverem generovanou výzvu a tlačítko "Přihlásit". Proces přihlášení bude zahájen stiskem tlačítka "Přihlásit", následně budete přesměrováni na Autentizační službu portálu veřejné správy (dále jen AS PVS) a bude zobrazeno obvyklé přihlašovací okno Informačního systému datových schránek (dále jen ISDS). Zde uživatel zvolí svou metodu autentizace (Jménem a Heslem, Certifikátem, Pomocí SMS, Bezpečnostním kódem) a zadá odpovídající údaje. Pokud proběhla autentizace úspěšně, bude zobrazena žádost o vydání souhlasu s předáním informace o datové schránce a uživateli pro potřeby informačního systému veřejné správy. V případě nesouhlasu nebude možné provést ověření identity a přihlášení nebude realizováno. V případě vydání souhlasu a splnění podmínky, že jste oprávněnou osobou k použité datové schránce, budete přihlášeni do Vámi požadované autentizované části daňového portálu.
V případě neúspěšné autentizace v přihlašovacím okně ISDS, či v případě nesouhlasu s předáním informace o datové schránce a uživateli pro potřeby informačního systému veřejné správy, nebude umožněn přímý návrat na stránky Daňového portálu. Proces přihlašování do datové schránky a řízení aplikace AS PVS je zcela ve správě správce a provozovatele ISDS, a proto je třeba respektovat Provozní řád ISDS, který je k dispozici na stránkách www.datoveschranky.info.
Po úspěšném přihlášení následuje zobrazení seznamu dostupných daňových informačních schránek (DIS). DIS lze ze seznamu vybrat přímo tlačítkem "Vybrat" anebo je možné klepnout na identifikaci nebo název/jméno DIS. Pak se zobrazí stránka s informacemi o DIS, která také obsahuje tlačítko "Vybrat".
V pravém horním rohu aplikace je umístěn autentizační panel, jehož obsah se liší podle toho, zda uživatel je či není přihlášen. V případě, že uživatel není přihlášen, je místo jména uživatele zobrazen text "NEPŘIHLÁŠENÝ" a panel dále obsahuje odkazy "Vstoupit", "Jak se přihlásit?" a "Podmínky".
Pokud je uživatel přihlášen, zobrazí se v panelu jméno uživatele a odkaz "Odhlásit se". Dále panel obsahuje identifikaci a název/jméno vybrané DIS (pokud je vybrána) a odkaz "Vybrat schránku" pro výběr jiné DIS. Klepnutím na jméno přihlášeného uživatele se zobrazí informace o přihlášeném uživateli. Klepnutím na vybranou DIS se zobrazí informace o této DIS a klepnutím na odkaz "Vybrat schránku" se zobrazí seznam dostupných DIS. Nadpisy v tabulce seznamu DIS "Identifikace" a "Název / Jméno" jsou aktivní a klepnutí na některý z nich způsobí seřazení seznamu podle zvoleného sloupce.
Do autentizované části aplikace se lze dostat dvěmi způsoby. První způsob je klepnutí na odkaz "Vstoupit" umístěném v autentizačním panelu v pravém horním okně aplikace. Dojde k zobrazení přihlašovací stránky a následně i k výběru DIS. Dále uživatel pokračuje volbou aplikace z vodorovné nabídky pod horním okrajem okna, například "Stavy a obraty osobních daňových účtů".
Druhý způsob je přímá volba aplikace z autentizované části aplikace (ikona klíče u názvu aplikace), například "Stavy a obraty osobních daňových účtů" nebo "Informace o DIS". Obě aplikace jsou umístěny ve vodorovné nabídce pod horním okrajem okna aplikace. Taková volba způsobí zobrazení přihlašovací stránky a po úspěšném přihlášení i výběr DIS a následně je uživatel přesměrován na zvolenou aplikaci.
Pro odhlášení z aplikace je v autentizačním panelu k dispozici odkaz "Odhlásit se", který zruší relaci mezi WWW prohlížečem a serverem a přesměruje zpět na nezabezpečený protokol HTTP.